由于
超濾離心管使用不恰當或是超濾知識缺乏引起的問題，簡直成了實驗汪們蛋白實驗不成功、效率低下的最常見原因之一。比如說：
為什么截留分子量選擇沒錯，蛋白有時候卻會漏出在濾出液中？
導致漏蛋白甚至檢測不到蛋白的原因很復雜，應優先根據樣品調整工藝，因為同一種膜、截留分子量和裝置組合對于不同的蛋白質類別甚至物種而言可能并非最優之選。
超濾離心管在選擇過程中，應首先執行以下步驟：
1、考慮樣品和分子特性：比如改變pH可能增加構象改變的風險，而降低溫度可能降低濃縮效率等。
2、選擇正確的膜：超濾沒有太多的膜選項，但您應對再生纖維素（RC）、Hydrosart®和聚醚砜（PES）材料進行測試，以確定哪種材料可為您的特定材料提供低的非特異性結合和最優的回收率。
3、選擇合適的截留分子量，通常是靶標1/3大小的截留分子量適合。但有時則需要更小的孔徑來滿足回收率的要求。如果在病毒和核酸樣品，可參看下面截留分子量和病毒顆粒分子大小以及核酸大小的換算表。
4、選擇合適的裝置：賽多利斯擁有適用于低濃度樣品、DNA、蛋白質、病毒、過濾應用等廣泛的裝置選項；選擇合適的裝置可以有效改善結果。
5、使用合適的裝置處理方法：例如預沖洗以去除分析物或用非干擾蛋白沖洗以鈍化結合位點并減少損失。
6、考慮樣品控制方法，例如使用裝置內的“死體積”移走所有截留物，或預灌裝濾液管以控制截留物的最終體積。
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